为进一步提高大熊猫野外研究的水平，经国家林业局批准，2004年4月26日，动物所与佛坪国家级自然保护区合作建立"秦岭大熊猫野外研究基地"，联合开展秦岭地区野外大熊猫的研究工作。

　　佛坪自然保护区于1978年经国务院批准成立，总面积29240公顷，保护区内近百年来少有人为破坏，植被保持自然完整，生物多样性极其丰富。根据历年开展的大熊猫调查，区内野生大熊猫种群数量约占整个秦岭地区大熊猫数量的35%，熊猫密度大，可遇见率高，在这里进行大熊猫野外研究具有的独特优势。

　　研究基地的核心部分位于保护区内的三官庙保护站，生活在该保护站管辖区域内的二十余只野生大熊猫是基地研究人员的主要研究对象。

　　研究基地成立了"管理委员会"和"学术委员会"，并邀请国内相关领域的科研工作者加盟，共同开展秦岭大熊猫野生态学及保护生物学的研究。