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1996年，为给野外动物科研工作提供条件，动物所在该地建立东灵山野外站。主要开展野外动物科研、野外实习、科普、举办生物夏令营。该站位于北京市门头沟最高峰东灵山的东麓，距北京城区公路距离约130公里。站址海拔1100米。东灵山是北京地区自然植被最好的少数几个区域之一，保存有大面积原始次生落叶阔叶林。系褐马鸡、青羊等珍稀动物的在北京的主要栖息地。
为进一步提高大熊猫野外研究的水平，经国家林业局批准，2004年4月26日，动物所与佛坪国家级自然保护区合作建立"秦岭大熊猫野外研究基地"，联合开展秦岭地区野外大熊猫的研究工作。佛坪自然保护区于1978年经国务院批准成立，总面积29240公顷，保护区内近百年来少有人为破坏，植被保持自然完整，生物多样性极其丰富。根据历年开展的大熊猫调查，区内野生大熊猫种群数量约占整...
为落实中科院新时期办院方针，促进院地合作，实现科技成果转化，我所与白云实业有限公司开展昆虫病毒杀虫剂产业化合作，其中，《5000亿PIB/克棉铃虫核型多角体病毒母药》已于2004年9月通过农业部审核，获得农药登记证书。为进一步加快科研成果的产业化进程，实现研究所与企业的优势互补，2004年动物所生物农药中试基地在河南省济源白云实业有限公司成立。
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